Située à la jonction des grandes voies antiques, devenues routes royales puis nationales, d'Angers à Nantes et à Rennes, la commune de Saint-Jean-de-Linières ne s'est constituée que tardivement. Son territoire faisait partie d'une vaste forêt, seulement occupée, jusqu’au XIe siècle, par quelques cabanes de bûcherons. Il est dit qu'une chapelle y fut édifiée au lieu-dit "La Forestrie", sur voeu d'Anne de Bretagne. Elle fut la base de l'église actuelle. C’est sur le même site que fut érigé le château féodal, décrit "entouré d'énormes douves et possédant un haut donjon carré". Il n’en reste aujourd'hui que quelques ruines des douves.

Les archives du château de Linières furent retrouvées au château de Serrant. Elles contiennent les transactions des différents propriétaires, dont quelques noms célèbres : les familles du Guesclin, de Rohan-Guémené et de Serrant, entre le XIIIe et le XVIIIe siècle.

La paroisse fut attribuée aux moines de Saint-Nicolas au milieu du XIIe siècle. Elle possédait l'un des plus célèbres relais de poste d'Anjou, qui accueille aujourd’hui l’Auberge de la Roche. L'empereur Joseph II y fut accueilli en 1778.

Avant la Révolution, peu d'activités et une agriculture pauvre existaient sur la commune, qui n'évoluera qu'avec la modernité, et notamment le développement des transports routiers et l’installation de la voie ferrée du Petit Anjou, en 1909.