Si des traces d'occupation humaine antérieure ont été trouvées sur le territoire ponts-de-céais, l'archéologie prouve que les premiers ponts remontent bien à l'époque romaine. Rien n’authentifie par contre que Dumnacus, chef des Andecaves (peuple fondateur d’Angers), ait été battu ici par les légions romaines, lors d’une dernière révolte gauloise un an après Alésia.

Porte sud d'Angers, la ligne des ponts permet de traverser d'île en île une vallée large de trois kilomètres. Au Moyen Âge, de nombreux moulins pendus sont installés sous les arches des ponts, contribuant à assurer le ravitaillement d'Angers en pain et en farine. D'ailleurs, jusqu'à la Révolution, où la commune est créée par la fusion des paroisses Saint-Aubin, Saint-Maurille et Sorges, les Ponts-de-Cé sont rattachés administrativement à Angers, dont les seigneurs puis le pouvoir municipal contrôlent le passage du fleuve.

L'intérêt stratégique du passage de Loire n'a pas échappé aux rois de France. Charles le Chauve y construit au milieu du IXe siècle un château en bois pour barrer la route aux vikings. Dès le XIIe siècle, un château fort en pierres défend l'unique passage sur la Loire entre Saumur et Nantes. La place forte est un enjeu stratégique pendant les guerres de Cent Ans (Du Guesclin la délivre), de Religion, de la Fronde et de Vendée. Dans le château, que Victor Hugo voulut acheter en 1830, sont enfermés des Vendéens en 1793 ; deux milles sont fusillés dans une prairie peu distante, en bordure du Loire.
C'est l'arrivée du chemin de fer à Angers en 1849 qui met un terme au déclin de l’activité économique liée au fleuve. Depuis, l'horticulture et l'industrie ont pris le relais. Les Ponts-de-Cé, détruits à 65 % pendant la Seconde Guerre mondiale, notamment par les fréquents bombardements alliés, reçoivent en 1949 la croix de guerre avec étoile d'argent « pour l'héroïsme de ses habitants et le lourd tribut payé à la guerre ».