L'archéologie prouve que les premiers ponts remontent bien à l'époque romaine. Rien n’authentifie que Dumnacus, chef des Andegaves (peuple fondateur d’Angers), ait été battu ici par les légions romaines, lors d’une dernière révolte gauloise un an après Alésia. Mais la légende persiste !

Porte sud d'Angers, la ligne des ponts permet de traverser d'île en île une vallée large de trois kilomètres. Au Moyen-Age, de nombreux moulins pendus installés sous les arches des ponts contribuent à assurer le ravitaillement d'Angers en pain et en farine.

Jusqu'à la Révolution, date de la création de la  commune par la fusion des paroisses Saint-Aubin, Saint-Maurille et Sorges, les Ponts-de-Cé sont rattachés administrativement à Angers. Les seigneurs, puis le pouvoir municipal, contrôlent le passage du fleuve.

L'intérêt stratégique du passage de Loire n'a pas échappé aux rois de France. Charles le Chauve y construit au milieu du IXème  siècle un château en bois pour barrer la route aux vikings. Dès le XIIème siècle, un château fort en pierres défend l'unique passage sur la Loire entre Saumur et Nantes. La place forte est un enjeu stratégique pendant les guerres de Cent Ans, de Religion, de la Fronde et de Vendée.

Au XVème siècle, le château devient résidentiel. René d'Anjou y entreprend des modifications internes et l'aménagement de beaux jardins. En 1793, des vendéens y sont enfermés et deux milles sont fusillés dans une prairie, à proximité. Propriété de la ville depuis 1891, le château est classé monument historique en 1862. Le château abrite depuis une quarantaine d'années l'exceptionnel musée des coiffes et des traditions.

L'arrivée du chemin de fer à Angers en 1849 met un terme au déclin de l’activité économique liée au fleuve. Depuis, l'horticulture, l'industrie et l'artisanat ont pris le relais.

Les Ponts-de-Cé, détruits à 65 % pendant la Seconde Guerre mondiale, reçoivent en 1949 la croix de guerre avec étoile d'argent « pour l'héroïsme de ses habitants et le lourd tribut payé à la guerre ».